രാഷ്ട്രപതി സ്ഥാനത്തു നിന്നും പടിയിറങ്ങിയ ശേഷം പാര്‍ലമെന്‍റ് ആക്രമണ കേസിനെ കുറിച്ച് കലാം നടത്തിയ വെളിപ്പെടുത്തലുകള്‍ ഇന്ത്യന്‍ രാഷ്ട്രീയത്തിന്‍റെ സത്യാസത്യങ്ങളിലേക്ക് വിരല്‍ ചൂണ്ടുന്നതായിരുന്നു.
പാര്‍ലമെന്‍റ് ആക്രമണ കേസിലെ മുഖ്യ പ്രതിയായ അഫ്സല് ഗുരുവിന്‍റെ വധശിക്ഷയിന്‍‌മേല്‍ രാഷ്ട്രപതി തീരുമാനമെടുക്കാന്‍ താമസിക്കുന്നു എന്ന മുഖ്യ പ്രതിപക്ഷ കക്ഷിയായ ബിജെപിയുടെ ആരോപണം നില നില്‍ക്കവെയാണ് കലാം ഒരു അഭിമുഖത്തില്‍ ഭൂതത്തെ കുടം തുറന്നു വിട്ടത്. ഇത് കലാമിന്‍റെ വിമര്‍ശകര്‍ക്കുള്ള മറുപടിയാവുകയും ചെയ്തു.
അഫ്സല് ഗുരുവിന്‍റെ വധ ശിക്ഷ സംബന്ധിച്ച് കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍ അഭിപ്രായം അറിയിക്കാത്തതാണ് രാഷ്ട്രപതിയുടെ തീരുമാനം വൈകിക്കുന്നതെന്നായിരുന്നു കലാം വെളിപ്പെടുത്തിയത്. ഇക്കാര്യത്തില്‍ സര്‍ക്കാരും രാഷ്ട്രപതിയുടെ ഓഫീസും തമ്മില്‍ സ്വരച്ചേര്‍ച്ച ഇല്ലായിരുന്നോ എന്നു കൂടി സംശയം ഉളവാക്കുന്ന രീതിയിലായിരുന്നു ഈ വെളിപ്പെടുത്തല്‍.
2001 ലെ പാര്‍ലമെന്‍റ് ആക്രമണ കേസിലെ പ്രതിയായ അഫ്സല് ഗുരുവിന് 2006 ഒക്ടോബര്‍ 20 ന് വധശിക്ഷ നല്‍കാന്‍ കോടതി വിധിച്ചു. ഈ അവസരത്തില്‍ രാഷ്ട്രപതിക്ക് നല്‍കിയ മാപ്പപേക്ഷ അഫ്സലിന്‍റെ ശിക്ഷയ്ക്ക് താല്‍ക്കാലിക വിരാമമാവുകയായിരുന്നു.
ഇന്ത്യന്‍ നിയമം അനുശാസിക്കുന്നത് പ്രകാരം രാഷ്ട്രപതിക്ക് ഫയല്‍ ചെയ്യുന്ന ദയാഹര്‍ജി ആദ്യം ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയത്തിനും പിന്നീട് കാബിനറ്റിനും നല്‍കുന്നു. കാബിനറ്റ് ബന്ധപ്പെട്ട സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാരില്‍ നിന്ന് പ്രതികരണം അറിഞ്ഞ ശേഷം തീരുമാനം രാഷ്ട്രപതിയെ അറിയിക്കും.
കാബിനറ്റ് തീരുമാനം രാഷ്ട്രപതി അനുസരിക്കണമെന്നില്ല. എന്നാല്‍, ഈ തീരുമാനം അറിയാതെ രാഷ്ട്രപതിക്ക് പ്രവര്‍ത്തിക്കാനും സാധ്യമല്ല.
