തിരഞ്ഞെടുപ്പിന് മുന്‍പ് സ്വര്‍ണക്കടത്ത്, ഖുര്‍ആന്‍ വിവാദങ്ങള്‍ ഉയര്‍ന്നപ്പോഴെല്ലാം കെ.ടി.ജലീലിനെ സംരക്ഷിക്കാനാണ് സിപിഎമ്മും എല്‍ഡിഎഫും തീരുമാനിച്ചത്. ജലീലിനെ ഉന്നംവച്ചുള്ള അടിസ്ഥാനരഹിതമായ എല്ലാ ആരോപണങ്ങളെയും മുന്നണി ഒറ്റക്കെട്ടായി പ്രതിരോധിക്കുമെന്ന നിലപാടായിരുന്നു നേതൃത്വത്തിന്. എന്നാല്‍, ബന്ധുനിയമന വിവാദത്തില്‍ ജലീല്‍ കുറ്റക്കാരനാണെന്ന് ലോകായുക്ത വിധിച്ചതോടെ സിപിഎമ്മും പ്രതിരോധത്തിലായി. പ്രതിപക്ഷത്തു നിന്ന് ഉയരുന്ന വിമര്‍ശനങ്ങളേക്കാള്‍ സിപിഎം പേടിച്ചത് പാര്‍ട്ടിക്ക് അകത്തുനിന്നുള്ള ചോദ്യങ്ങളെയായിരുന്നു.
പിണറായി സര്‍ക്കാരിന്റെ ആദ്യ കാലത്ത് ബന്ധുനിയമനത്തെ തുടര്‍ന്നാണ് ഇ.പി.ജയരാജന് മന്ത്രിസ്ഥാനം രാജിവച്ചത്. പിന്നീട് ക്ലീന്‍ ചിറ്റ് ലഭിക്കുകയും മന്ത്രിസ്ഥാനത്തേക്ക് തിരിച്ചെത്തുകയുമായിരുന്നു. ആരോപണം നേരിടുന്ന വ്യക്തി മന്ത്രിസഭയില്‍ തുടര്‍ന്നാല്‍ അത് സര്‍ക്കാരിന് കളങ്കമാകുമെന്നായിരുന്നു മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്റെ നിലപാട്. സിപിഎമ്മിലെ കരുത്തനായിട്ട് കൂടി രണ്ടാമതൊന്ന് ആലോചിക്കാതെ ജയരാജന്റെ രാജി പിണറായി ആവശ്യപ്പെടുകയായിരുന്നു. ജയരാജന് അത് അനുസരിക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് ക്ലീന്‍ചിറ്റ് ലഭിച്ചപ്പോള്‍ ജയരാജനെ മന്ത്രിസ്ഥാനത്തേക്ക് തിരിച്ചെത്തിക്കാന്‍ കൂടുതല്‍ താല്‍പര്യം കാണിച്ചതും അതേ പിണറായി തന്നെയാണ്.
ജയരാജന്റെ അനുഭവം മുന്നിലുള്ളതുകൊണ്ട് തന്നെ ബന്ധുനിയമന കേസില്‍ ജലീലിന്റെ രാജിക്കായി സിപിഎമ്മും നിര്‍ബന്ധിതരായി. ജലീല്‍ സിപിഎം സ്വതന്ത്രന്‍ ആണ്. ജയരാജന് ലഭിക്കാത്ത എന്ത് പരിരക്ഷയാണ് ജലീലിനുള്ളതെന്ന ചോദ്യം പാര്‍ട്ടിയില്‍ നിന്ന് തന്നെ ഉയര്‍ന്നേക്കാം. ഇതെല്ലാം മുന്നില്‍കണ്ടാണ് ജലീലിന്റെ രാജി രണ്ടാമതൊന്ന് ചിന്തിക്കാതെ പിണറായി വിജയന്‍ സ്വീകരിച്ചതും.
പിണറായി സര്‍ക്കാരിന്റെ കാലത്ത് രാജിവയ്ക്കുന്ന അഞ്ചാമത്തെ മന്ത്രിയാണ് ജലീല്‍. സര്‍ക്കാര്‍ അധികാരമേറ്റ് അഞ്ച് മാസം മാത്രം കാലാവധി ആയപ്പോള്‍ ഇ.പി.ജയരാജന് രാജിവച്ചു. പിന്നീട്, അശ്ലീല ഫോണ്‍ സംഭാഷണം ഒരു ചാനല്‍ പുറത്തുവിട്ടതോടെ ഹണിട്രാപ്പില്‍ കുടുങ്ങി ഗതാഗതമന്ത്രി എ.കെ.ശശീന്ദ്രന്‍ രാജിവച്ചു. 2017 മാര്‍ച്ച് 26 നായിരുന്നു ശശീന്ദ്രന്റെ രാജി. കായല്‍ കൈയേറ്റ കേസിനെ തുടര്‍ന്ന് 2017 നവംബര്‍ 15 ന് തോമസ് ചാണ്ടി മന്ത്രിസ്ഥാനം രാജിവച്ചു.
രണ്ടര വര്‍ഷത്തിനു ശേഷം മന്ത്രിസ്ഥാനം വച്ചുമാറണമെന്ന ജെഡിഎസിലെ ധാരണയെ തുടര്‍ന്ന് ജലവിഭവ മന്ത്രി മാത്യു ടി.തോമസ് 2018 നവംബര്‍ 26 ന് രാജിവച്ചു. ഏറ്റവും ഒടുവില്‍ അഞ്ചാമത്തെ രാജിയായി കെ.ടി.ജലീലും.