വളരെ പുരാതനമായ ക്ഷേത്രമാണിത്. 1755 നും 1786നും ഇടയ്ക്ക് 31 വര്‍ഷം കൊണ്ട് ബാലാജി പേഷ്വ ആണ് ഇത് പുനര്‍ നിര്‍മ്മിച്ചത്. ബ്രഹ്മ ഗിരി കുന്നുകളുടെ താഴ്വാരത്തിലാണ് ത്രയംബകരേശ്വര ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയുന്നത്. ഗോദാവരി നദി ഉത്ഭവിക്കുനതും ബ്രഹ്മഗിരി കുന്നുകളിലാണ്.അതിപുരാതന കാലത്ത് ഗൌതമമഹര്‍ഷി ഇവിടെ താമസിച്ചിരുന്നുവെന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. ഒരു പശുവിനെ കൊല ചെയ്ത പാപപരിഹാരാര്‍ത്ഥം അദ്ദേഹം ശിവഭഗവാനെ പ്രീതിപ്പെടുത്താന്‍ ഘോരമായ തപസ് ചെയ്തു. പാപം കഴുകിക്കളയാനായി ഗംഗയുടെ സാന്നിധ്യം ഇവിടെ വേണമെന്ന് മഹര്‍ഷി ഭഗവാനോട് അപേക്ഷിച്ചു. ഇതാണ് ദക്ഷിണ ഗംഗയെന്ന് അറിയപ്പെടുന ഗോദാവരിയുടെ ഉത്ഭവത്തിന് കാരണമെന്നാണ് വിശ്വാസം. ശിവന്‍ ഗൌതമ മഹര്‍ഷിയുടെ ആരാധനയില്‍ സം‌പ്രീതനായി. ഇവിടെ ത്രയംബകേശ്വകേശ്വരനായിട്ടാണ് ഭഗവാന്‍ കുടിയിരിക്കുന്നത്(മൂന്ന് കണ്ണോടു കൂടി). അതു കൊണ്ട് ഈ സ്ഥലം ത്രയംബക് എന്ന പേരില്‍ അറിയപ്പെടുന്നു.
ഉജൈന്‍, ഓംകേശ്വരര്‍ എന്നിവിടങ്ങളിലെ പോലെ ഈ നഗരത്തിന്‍റെ നാഥന്‍ ത്രയംബകേശ്വരനാണ്. എല്ലാ തിങ്കളാഴ്‌ചയും ത്രയംബകേശ്വന്‍ നഗര പ്രദക്ഷിണത്തിനങ്ങിറങ്ങുന്നു. പ്രദക്ഷിണസമയത്ത് ശിവന്‍റെ അഞ്ചുമുഖമുള്ള സ്വര്‍ണ്ണ മുഖം മൂടി രഥത്തില്‍ എഴുന്നുള്ളിക്കുന്നു. ഇതോടനുബന്ധിച്ച് കുശാവര്‍ട്ട് നദിയിലെ വിശുദ്ധ സ്നാനഘട്ടത്തില്‍ നീരാട്ട് നടത്തുന്നു.
ശ്രാവണമാസത്തിലെ ശിവരാത്രി ദിവസത്തില്‍ ലക്ഷങ്ങള്‍ ത്രയംബകേശ്വകേശ്വരനെ വണങ്ങുന്നു. ശിവന്‍റെ കൂടെ ഭക്തരും നീരാട്ട് നടത്തും. കാള സര്‍പ്പ യോഗം മാറണമെങ്കില്‍ ത്രയംബകേശ്വരന്‍റെ അടുത്ത് നാരായണ നാഗ് ബലി പ്രാര്‍ത്ഥന നടത്തിയാല്‍ മതിയെന്നാണ് വിശ്വാസം.
