കന്യാകുമാരി ജില്ലയിലെ 12 ശിവക്ഷേത്രങ്ങളില്‍ ശിവരാത്രിയോറ്റനുബന്ധിച്ച് ദര്‍ശനം നടത്തുന്നതാണ് ശിവാലയ ഓട്ടം എന്ന പേരില്‍ പ്രസിദ്ധമായത്. ഇതിനു പിന്നില്‍ ഒരു കഥയുണ്ട്.
ശിവഭക്തനായ വ്യാഘ്രപാദമുനി മുന്‍ജന്മത്തില്‍ ഗൗതമമുനിയായിരുന്നു. അദ്ദേഹം ശിവനെ ദീര്‍ഘകാലം തപസ് ചെയ്ത് രണ്ട് വരങ്ങള്‍ സന്പാദിച്ചു.
ഒന്ന് കൈനഖങ്ങളില്‍ കണ്ണ് വേണം ശിവപൂജയ്ക്ക് പോറലേല്ക്കാത്ത പൂക്കളിറുക്കാന്‍ രണ്ട് കാലില്‍ പുലിയെപ്പോലെ നഖങ്ങളുള്ള പാദങ്ങള്‍ വേണം. ഏത് മരത്തിലും കയറി പൂജയ്ക്ക് വേണ്ടുന്ന പൂക്കള്‍ ശേഖരിക്കാന്‍. അങ്ങിനെയാണ് വ്യാഘ്രപാദമുനിയെന്ന പേര് സിദ്ധിച്ചത്.
കുരുക്ഷേത്ര യുദ്ധം കഴിഞ്ഞ് പാണ്ഡവര്‍ അശ്വമേധയാഗം നടത്തി. ശ്രീകൃഷ്ണന്റെ നിര്‍ദ്ദേശ പ്രകാരം ഭീമസേനന്‍ വ്യാഘ്രപാദമുനിയെ യജ്ഞത്തിന് ക്ഷണിക്കാനായി പോയി. ശ്രീകൃഷ്ണന്‍ ഭീമസേനനെ പന്ത്രണ്ട് രുദ്രാക്ഷങ്ങള്‍ ഏല്‍പ്പിച്ചിരുന്നു.
ഭീമന് താമ്രവര്‍ണ്ണീ നദീതിരത്ത് തപസ്സ് ചെയ്യുകയായിരുന്ന വ്യാഘ്രപാദമുനിയുടെ അടുക്കലെത്തി തപസ്സില്‍ നിന്നുണര്‍ത്തുവാനായി 'ഗോവിന്ദാ ഗോപാല' എന്ന് വിളിച്ചു, ശൈവഭക്തനായ മുനി, വിഷ്ണുനാമം കേട്ടു കോപിച്ചു. ഭീമന്റെ പുറകേ ഓടിച്ചെന്നു. ഭീമന് ഓടുന്നതിനിടയില്‍ കൈവശമുളള രുദ്രാക്ഷത്തിലൊന്ന് ഒരു സ്ഥലത്ത് വച്ചു. രുദ്രാക്ഷം ഒരു ശിവലിംഗമായി മാറി.
ശിവലിംഗം കണ്ട് ക്രോധം ശമിച്ച മുനി കുളിച്ച് ശുദ്ധനായി, വിഗ്രഹത്തെ പൂജിച്ചു. ഇങ്ങിനെ പന്ത്രണ്ട് രുദ്രാക്ഷവും ഉപയോഗിച്ചു. ഓരോ ശിവലിംഗ പ്രതിഷ്ഠയും ഓരോ ക്ഷേത്രമായി തീര്‍ന്നു. എന്നിട്ടും മുനിയുടെ കോപത്തിന് അവസാനമുണ്ടായില്ല.
ഭീമന് ശ്രീകൃഷ്ണനെ ധ്യാനിച്ചു. കൃഷ്ണന്‍ മുനിക്ക് ശിവന്റെ രൂപത്തിലും ഭീമന് വിഷ്ണുവിന്റെ രൂപത്തിലും ദര്‍ശനം കൊടുത്തു. അങ്ങിനെ ശങ്കരനാരായണ പ്രതിഷ്ഠയുണ്ടായി മഹര്‍ഷി തൃപ്തനായി അശ്വമേധ യാഗത്തില്‍ പങ്കെടുത്തു. ഭീമന്റെ ഓട്ടത്തെ അനുസ്മരിച്ചാണ് ശിവാലയഓട്ടം നടക്കുന്നത്.