പ്രതികൾ തമ്മിലുള്ള രഹസ്യ ബന്ധം സിസറ്റർ അഭയ അറിഞ്ഞതാണ് കൊലപാതകത്തിന് പിന്നിലെ കാരണം എന്നാണ് സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തിൽ വ്യക്തമാക്കിയിരിയ്ക്കുന്നത്. ലൈംഗികതയും കൊലപാതകവുമാണ് അഭയ കേസിന്റെ ആകെ തുക എന്ന് സിബിഐ ഉദ്യോഗസ്ഥനായ നന്ദകുമാർ നായർ ചിചാരണ വേളയിൽ കൊടതിയിൽ മൊഴി നൽകിയിരുന്നു.
1992 മാർച്ച് 27ന് പഠിയ്ക്കുന്നതിനായാണ് സിസ്റ്റർ അഭയ പുലർച്ചെ എഴുന്നേറ്റത്, വെള്ളം കുടിയ്ക്കുന്നതിനായി ഹോസ്റ്റലിലെ അടുക്കളയിലേയ്ക്ക് പോയ അഭയയെ കോടാലികൊണ്ട് തലയ്ക്ക് അടിയ്ക്കുകയായിന്നു. മൂന്നാമത്തെ അടിയിൽ അഭയ ബോധരഹിതയായി നിലത്തുവീണു. തുടർന്ന് മരിച്ചെന്ന് കരുതി കിണറ്റിൽ തള്ളുകയായിരുന്നു. രാവിലെ മുതൽ അഭയയെ കാണാതായതിനെ തുടർന്ന് ഹോസ്റ്റൽ അന്തേവാസികൾ നടത്തിയ തെരച്ചിലിനിടെ അടുക്കളിലെ റഫ്രിജറേറ്ററിന് സമീപത്തുനിന്നും അഭയയുടെ ഒരു ചെറിപ്പ് കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. പിന്നീടാണ് കൊൺവെന്റിലെ കിണറ്റുൽ മൃതദേഹം കണ്ടെന്നത്.